ปี 2533 นายกมลเศรษฐ์ เก่งการเรือ นักสังคมสงเคราะห์ รพ.จุฬาลงกรณ์ ก่อตั้ง “ชมรมเพื่อนวันพุธ” ชมรมผู้ติดเชื้อเอชไอวีแห่งแรกของไทย และต่อมาได้จัดตั้ง “ชมรมเส้นทางสีรุ้ง” ปี 2541 เพื่อให้ความรู้และป้องกันเอชไอวีในกลุ่มชายรักชาย ปี 2543 เปลี่ยนชื่อเป็น “กลุ่มฟ้าสีรุ้ง” และปี 2544 เป็น “องค์กรฟ้าสีรุ้งแห่งประเทศไทย” ปี 2546 ร่วมกับศูนย์วิจัยโรคเอดส์และศูนย์ความร่วมมือไทย-สหรัฐ สำรวจเอชไอวีในกลุ่มชายที่มีเพศสัมพันธ์กับชาย พบอัตราการติดเชื้อสูงถึง 17.8% จึงได้จดทะเบียนเป็น “สมาคมฟ้าสีรุ้งแห่งประเทศไทย” และขยายงานจากการป้องกันเอชไอวีสู่ด้านสุขภาวะ สิทธิ ความเท่าเทียม และการเสริมพลังชุมชนความหลากหลายทางเพศจนถึงปัจจุบัน
แนวคิดชื่อ “ฟ้าสีรุ้ง” หมายถึงสังคมในอุดมคติที่ขจัดปัญหาต่างๆ ได้อย่างหมดสิ้น เปรียบเสมือนท้องฟ้าที่สว่างไสว มีสายรุ้งงดงามพาดผ่านหลังพายุฝน ซึ่งสะท้อนความหวังและความงดงามของการอยู่ร่วมกันอย่างเท่าเทียมในสังคม
